在上级有关部门的直接指导下，东航经过对“３·３１”返航事件认真调查，本着“实事求是、依法依纪严肃处理”的原则，对所认定的１１次人为返航的１３名飞行人员进行了严肃处理。对在返航事件中情节较重的１名机长停飞，给予开除党籍处分；３名飞行教员分别停飞一至两年，给予留党察看处分。对于另外２名飞行教员和２名机长，分别取消教员和机长资格、降为副驾驶，并给予党内严重警告或警告处分。其他５名参与返航情节较轻的飞行人员也已暂停飞行，经教育整顿和严格检查后重新认定从业任职资格。针对此次事件暴露出的管理问题，东航严肃追究了８名相关领导人员的责任。对云南分公司总经理、党委书记和分管副总经理给予党内警告处分，两名主要领导免去原任职务；对云南分公司飞行部、相关飞行分部５名领导人员分别给予党内严重警告或警告处分，其中４人免去职务。